Çene eklemi rahatsızlıklarının tedavisinde Reversibl Tedavi (Faz I) ve İrreversibl Tedavi (Faz II) aşamaları bulunmaktadır. Faz I tedaviler konservatif yaklaşımlardır ve oklüzal splint tedavisi, fizik tedavi, farmakolojik tedavi ve psikiyatrik tedavileri içerir.
Oklüzal splint tedavisinde interoklüzal splint ve gece plağı kullanılır. Bu tedavide splintin oklüzyonunun doğru ayarlanması çok önemlidir. Böylelikle, hastada istenilen oklüzal ilişki, kondil pozisyonu ve dikey boyut elde edilmiş olur. Kas spazmları azalır ve oklüzal yükler dengeli dağılmış olur. Ayrıca bu splint tedavisi hastanın durumunun farkına varmasını sağlamaktadır. Dişlerde parafonksiyonel hareketler sonucunda abrazyon oluşumunu engellemek amacıyla gece plağı kullanım endikasyonu bulunmaktadır.
Fizik tedavi yöntemleri arasında masaj, eklem distraksiyonu, egzersiz, termoterapi, iyontoforezis, elektroterapi, soğuk tedavisi, akupunktur, lazer tedavisi gibi seçenekler bulunmaktadır.
Farmakolojik tedavide nonsteroid antienflamatuar ilaçların etkili olduğu bilinmektedir. Ayrıca kortikosteroidler ve kas gevşetici ilaçlar da ağrıyı geçirmede kullanılmaktadır. Antidepresanlar rahatsızlığın psikiyatrik boyutu üzerinde etkilidir. Ancak farmakolojik tedavi türleri tek başına, rahatsızlığın kalıcı tedavisini sağlamaz.
Psikiyatrik destek tedavisi de multidisipliner tedavi yaklaşımı içinde yerini almıştır.
Faz II tedaviler ise geri dönüşümü olmayan tedavilerdir. Bu gruptaki tedavi yöntemleri, oklüzal iyileştirme (selektif mölleme, protetik tedavi, ortodontik tedavi), ortognatik cerrahi ve çene eklemi cerrahisidir. Çene eklemi cerrahisinde çeşitli tedavi yöntemleri kullanılmaktadır. Bunlardan artrosentez, eklem boşluğundaki eklemin hareketine izin vermeyen doku yapışıklıklarının serbestleştirilmesi ve çene ekleminin serumla yıkanması işlemidir. Artroskopi ise eklem boşluğuna ince kanüller vasıtası ile girilerek kamera ile eklem boşluğunun görülerek tedavisinin yapılmasıdır. Çene ankilozu, eklem deformasyonları veya eklemde kitle gibi durumlarda ise açık cerrahi işlemler yapılmaktadır.
Çene eklemi ağrılarının en büyük sebebi günlük hayatta karşılaşılan streslerdir. Bu ağrıların giderilmesi için hangi tedavi yapılırsa yapılsın öncelikle stresten uzak durmak gerekmektedir.